Fondée à Nantes le 1er avril 1988 par Jean-Emmanuel Sauvée, Philippe Videau et une dizaine d’officiers de la marine marchande, tous âgés de 23 à 29 ans, la Compagnie des Îles du Ponant se distingue notamment à l’époque par sa volonté de naviguer sous pavillon français. En 1991, Le Ponant, voilier de 32 cabines, premier navire de la compagnie nantaise, voit le jour sur les chantiers navals de Villeneuve-la-Garenne. Huit ans plus tard, en 1999, la compagnie fait construire un nouveau navire, Le Levant. En 2004 est acquis un troisième navire, Le Diamant, il est de taille bien plus importante. Il s'agit d'un ancien roulier transformé en 1986 comme navire de croisière haut de gamme.

En 2004, la Compagnie des Îles du Ponant intègre le groupe CMA-CGM, troisième armateur mondial dans le domaine des lignes régulières, et transfère son siège social à Marseille. Sous l’impulsion de son nouveau propriétaire, la compagnie lance en 2007 le projet de construction du navire de croisière idéal. Ce projet se concrétisera par le lancement de quatre sister-ships à la taille et au design innovants, construits aux chantiers navals Fincantieri à Ancône. Sous cette même impulsion de renouveau, la compagnie change de nom en 2009, et devient La Compagnie du Ponant. Le Boréal, est le premier des quatre sister-ships à voir le jour en 2010, suivi de L’Austral en 2011, du Soléal en 2013, puis du Lyrial en 2015. À la suite de ces nouveaux armements, deux navires sont vendus en novembre 2011 : Le Levant à la compagnie Paul Gauguin Cruises et Le Diamant à un fonds de pension pour être géré par le groupe International Shipping Partners.

En 2012, CMA-CGM vend la compagnie du Ponant au fonds d’investissement britannique Bridgepoint. Depuis 2014, la Compagnie du Ponant utilise la dénomination commerciale « Ponant », une marque qui porte le nom de son premier navire, élément fondateur de l’entreprise.

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Le 9 octobre 2015, Ponant annonce son rachat par Artémis, holding de la famille bretonne Pinault. Un vaste plan d'investissement est alors lancé en mars 2016, avec la commande de quatre navires de la nouvelle classe Ponant Explorers livrables en 2018 et 2019. D'un tonnage de 9 900 GT, ils peuvent accueillir 184 passagers dans 92 cabines. Ils sont réalisés par une filiale de Fincantieri, le groupe norvégien Vard. D'abord assemblé en Roumanie à Tulcea, ils sont transférés à Ålesund en Norvège pour être achevés et armés. Ils porteront les noms d'illustres explorateurs et marins français, Le Lapérouse, Le Champlain, Le Bougainville et Le Dumont-d'Urville. Les navires de cette classe sont tous dotés d’un salon avec hublot sous-marin, baptisé « Blue Eye ». En 2017, Vard reçoit une nouvelle commande de Ponant pour un navire de croisière de haute exploration polaire, hybride électrique et propulsé au gaz naturel liquéfié, Le Commandant-Charcot. Il s'agit de l'unique navire de ce type et premier brise-glace de croisière, sa coque est conçue par le bureau d'étude finlandais Aker Arctic, elle sera conforme à la certification glace Polar Code. Le navire sera opérationnel en 2021. En mars 2018, Ponant annonce la commande de deux navires de plus, de type Ponant Explorers aux chantiers Vard. Livrables en 2020, ils sont nommés Le Bellot et Le Jacques-Cartier (initialement nommé à la commande Le Surville).

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En novembre 2018, dans le cadre d'un partenariat avec les Chantiers de l'Atlantique, le navire Le Ponant est utilisé afin de tester le concept de voile rigide Solid Sail. À compter de novembre 2018 et durant une année le mât avant du navire est équipé de cette voile prototype de 250 mètres carrés. Cet essai devait permettre de valider le concept et mesurer ses performances en conditions réelles d’exploitation.

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En août 2019, l'entreprise rachète au groupe hôtelier américain Pacific Beachcomber la compagnie Paul Gauguin Cruises. À l'automne 2019 pour cette nouvelle compagnie, deux nouveaux navires de classe Ponant Explorers sont commandés pour 2022 avec une option pour un troisième. Ces navires posséderont un pack de batteries afin d'être autonome durant les escales et de ne pas émettre d'émission.